Jezioro Mikołajskie jest jeziorem rynnowym i znajduje się w słynnej Krainie Wielkich Jezior Mazurskich. Jego powierzchnia wynosi 5 kilometrów kwadratowych, długość jeziora to 5,8 kilometrów, zaś maksymalna szerokość sięga 1,6 kilometra, maksymalna głębokość dochodzi do 25,9 metra.

Jezioro Mikołajskie na północy łączy się z Jeziorem Tałty, pod mostem drogowym w Mikołajkach. Do jednego z filarów mostowych zawsze na wiosnę jest przykuwany na łańcuchu słynny Król Sielaw, z którym to związana jest ciekawa legenda. Był on nikim innym jak wielką, potężną rybą. Gdy dawno temu ludzie dopuszczali się zbyt mocnego połowu ryb na mazurskich jeziorach zdenerwowani pruscy bogowie poprosili Króla Sielaw, by ten zaprowadził porządek. Gdy tylko rybacy wypływali na jeziora w celu połowu Król przewracał ich łodzie i rozrywał sieci rybackie. Wystraszeni rybacy w końcu zaprzestali połowu. To jednak spowodowało, że zapanował głód. Żona jednego z rybaków postanowiła złożyć ofiarę, by przebłagać bogów. Gdy złożyła ofiarę na kamieniu ofiarnym w głębi puszczy pokazało się na nim srebrne koło, które pochwyciła, a następnie zaniosła mężowi, który poza tym, że był rybakiem, był również kowalem. Zrobił on z koła ogromną sieć. Gdy sieć była już gotowa wypłynął z synami na jezioro i zaczął połów. Kogo złapał? Oczywiście Króla Sielaw. Ten jednak przemówił ludzkim głosem prosząc o darowanie życia. W zamian za to obiecał, że za każdym razem gdy rybak wypłynie na jezioro będzie łapał do sieci niezliczoną ilość ryb. Rybak nie wypuścił jednak Króla, ale zostawił go w sieci na mieliźnie. Pewnego dnia będąc w karczmie pod wpływem alkoholu wyjawił swą tajemnicę. Wszyscy rybacy od razu udali się na poszukiwania Króla Sielaw uwięzionego w magicznej sieci. Gdy znaleźli go on po raz kolejny przemówił do nich ludzkim głosem prosząc o życie i w zamian za to oferując już na zawsze niezliczoną ilość ryb. Rybacy uznali, że oszczędzą go, jednak aby zawsze mieć nad nim kontrolę przytwierdzili go do przędła mostu żelaznym łańcuchem.

Wracając zaś do Jeziora Mikołajskiego, w południowo-wschodniej części połączone jest ono z Jeziorem Śniardwy. Z kolei w części południowo-zachodniej jezioro łączy się bezpośrednio z Jeziorem Bełdany. Na zachodnim brzegu Jeziora Mikołajskiego znajduje się Puszcza Piska. Pomiędzy jeziorami nie istnieją jasne granice. Są one wyznaczane przez miejsca przewężeń. Do Jeziora Mikołajskiego dopływają trzy rowy, jeden z jeziora Karłowo, które znajduje się w niedalekiej odległości. Jezioro Mikołajskie to swoisty łącznik przyjmujący wodę ze środkowej części, z jeziora Tałty oraz systemu Niegocin-Tałtowisko, oraz z południowej części zlewni, z jeziora Bełdany, dalej przekazuje ją przez cieśninę do jeziora Śniardwy.

Badania nad wodami w jeziorze pozwoliły zakwalifikować je do trzeciej klasy czystości. Stan trofii Jeziora Mikołajskiego (czyli stan intensywności procesów syntezy substancji organicznej przez organizmy fotoautotroficzne takie jak między innymi sinice, glony oraz rośliny wyższe) można porównać do stanu przeżyźnienia jeziora Ryńskiego oraz Jeziora Tałty. Jeśli chodzi o kwestię podatności na degradację to jezioro znajduje się w drugiej kategorii. Niekorzystny wpływ na stan jeziora i jego wód ma bezpośrednia zlewnia z punktowymi zrzutami ścieków. Zaś pozytywny wpływ na czystość wód ma oczyszczalnia znajdująca się w Mikołajkach. Jeśli chodzi o procesy samooczyszczania, to niestety są one dość mocno ograniczone. Głównym powodem jest skumulowany z jeziorze duży ładunek zanieczyszczeń. Dno Jeziora Mikołajskiego jest bardzo urozmaicone. Liczne głęboczki oraz zatoki świadczą o świetnie rozwiniętej linii brzegowej. Jezioro Mikołajskie jest otoczone lasem, gruntami ornymi i nieużytkami. Po przeprowadzeniu analizy bakteriologicznej wody w jeziorze stwierdzono, że stan wód jest korzystny pod względem sanitarnym.

Z Jeziorem Mikołajskim związana jest ogromna tragedia jaka miała miejsce 21 sierpnia 2007 roku. Podczas burzy wiejący bardzo silny wiatr, którego prędkość dochodziła do 130 kilometrów na godzinę, czyli 12 w skali Beauforta, poprzewracał i zatopił kilkadziesiąt łodzi. Tragiczny bilans tego zdarzenia to 8 ofiar śmiertelnych i 3 osoby uważane za zaginione. Całe zdarzenie trwało około 10 minut.