Cmentarz żydowski czyli kirkut znajduje się na ulicy Dybowskiej. Powstał on w roku 1881. Powierzchnia cmentarza to 0,06 ha. Jest to jeden z niewielu zachowanych cmentarzy żydowskich na całych Mazurach. Do czasów dzisiejszych zachowało się kilkadziesiąt nagrobków czyli macew w języku niemieckim i hebrajskim. W roku 2006 kirkut został uporządkowany przez miejscową ludność i Fundację Ochrony Dziedzictwa Żydowskiego.

Dawniej w Mikołajkach mieszkało około 10 rodzin żydowskich i wedle danych Żydzi przybyli do Mikołajek i osiedlili się tam około roku 1820. Podkreślali ponoć zawsze, że są oni pochodzenia żydowskiego, ale i to nie pomogło im podczas strasznych wydarzeń Nocy Kryształowej w roku 1938. Żadna z wywiezionych wówczas rodzin żydowskich nie powróciła już do miasta.